雖然土壤自身有一定的凈化能力，但當進入土壤的農藥量超過土壤的環境容量時就會形成土壤污染，對土壤生態系統產生嚴重的影響，同時還會通過食物鏈進入人體，對人體的健康造成危害。總之，土壤農藥污染的危害可以概括為以下幾個方面。
對農作物的影晌 土壤中殘留的農藥會通過植物的根系活動逐漸轉移至植物中，使得植物中的農藥殘留量增大，影響農產品的質量，造成農民的經濟效益下降。
對土壤生物的影響 很多農藥都會毒殺土壤中的生物，如蚯蚓等。蚯蚓是一種重要的土壤有利生物。可以使土壤保持疏松狀態并能使土壤中的肥力提高，但是部分高毒農藥會殺死蚯蚓。
對土壤微生物的影響 不同的農藥對土壤中微生物的影響也不同。同一種農藥對不同種微生物類群的影響也不同，但總的來講農藥可影響土壤微生物的種群和種群數量。殺菌劑對土壤微生物影響較大，不管是有益微生物還是有害微生物，均被其殺滅或者是抑制生長，如硝化細菌和氨化細菌。此外，土壤中殘留的農藥還對土壤中的微生物數量造成一定的影響，使得土壤生態系統的功能失調，營養成分不平衡、失調或缺乏，對土壤中生物的生長和代謝不利。
對人畜健康的影響 土壤中殘留農藥可被糧食、蔬菜作物吸收，使之遭受污染，并通過食物鏈危害人畜健康。另外，還可隨著土壤表層飲用水進入人或動物體內，對人體的健康造成直接或間接的危害，影響人們的正常生活。
其他影響 土壤中殘留的農藥還會使土壤的物理性狀發生改變。養分不均勻，最終導致農作物的產量和質量下降。土壤長期受農藥影響，最終會使土壤明顯酸化。此外，還會使土壤受重金屬污染，造成不可挽回的損失。當土壤中的殘留農藥通過影響某種生物的數量從而影響了當地的生物鏈就會嚴重影響環境。比如農藥通過稻穗使鳥類數量大減從而使田鼠數量劇增，并進一步影響當地植被物種，破壞環境。除此之物（污水）的任意丟棄排放造成農村生產生活環境的污染。
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