雖然土壤自身有一定的凈化能力，但當(dāng)進(jìn)入土壤的農(nóng)藥量超過土壤的環(huán)境容量時就會形成土壤污染，對土壤生態(tài)系統(tǒng)產(chǎn)生嚴(yán)重的影響，同時還會通過食物鏈進(jìn)入人體，對人體的健康造成危害。總之，土壤農(nóng)藥污染的危害可以概括為以下幾個方面。
對農(nóng)作物的影晌 土壤中殘留的農(nóng)藥會通過植物的根系活動逐漸轉(zhuǎn)移至植物中，使得植物中的農(nóng)藥殘留量增大，影響農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)量，造成農(nóng)民的經(jīng)濟(jì)效益下降。
對土壤生物的影響 很多農(nóng)藥都會毒殺土壤中的生物，如蚯蚓等。蚯蚓是一種重要的土壤有利生物。可以使土壤保持疏松狀態(tài)并能使土壤中的肥力提高，但是部分高毒農(nóng)藥會殺死蚯蚓。
對土壤微生物的影響 不同的農(nóng)藥對土壤中微生物的影響也不同。同一種農(nóng)藥對不同種微生物類群的影響也不同，但總的來講農(nóng)藥可影響土壤微生物的種群和種群數(shù)量。殺菌劑對土壤微生物影響較大，不管是有益微生物還是有害微生物，均被其殺滅或者是抑制生長，如硝化細(xì)菌和氨化細(xì)菌。此外，土壤中殘留的農(nóng)藥還對土壤中的微生物數(shù)量造成一定的影響，使得土壤生態(tài)系統(tǒng)的功能失調(diào)，營養(yǎng)成分不平衡、失調(diào)或缺乏，對土壤中生物的生長和代謝不利。
對人畜健康的影響 土壤中殘留農(nóng)藥可被糧食、蔬菜作物吸收，使之遭受污染，并通過食物鏈危害人畜健康。另外，還可隨著土壤表層飲用水進(jìn)入人或動物體內(nèi)，對人體的健康造成直接或間接的危害，影響人們的正常生活。
其他影響 土壤中殘留的農(nóng)藥還會使土壤的物理性狀發(fā)生改變。養(yǎng)分不均勻，最終導(dǎo)致農(nóng)作物的產(chǎn)量和質(zhì)量下降。土壤長期受農(nóng)藥影響，最終會使土壤明顯酸化。此外，還會使土壤受重金屬污染，造成不可挽回的損失。當(dāng)土壤中的殘留農(nóng)藥通過影響某種生物的數(shù)量從而影響了當(dāng)?shù)氐纳镦溇蜁?yán)重影響環(huán)境。比如農(nóng)藥通過稻穗使鳥類數(shù)量大減從而使田鼠數(shù)量劇增，并進(jìn)一步影響當(dāng)?shù)刂脖晃锓N，破壞環(huán)境。除此之物（污水）的任意丟棄排放造成農(nóng)村生產(chǎn)生活環(huán)境的污染。
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